Inicialmente, la familia de Chuñil presentó una querella el 9 de diciembre de 2024, señalando al empresario forestal y agrícola Juan Carlos Morstadt Anwandter como sospechoso, debido a disputas territoriales y amenazas previas relacionadas con terrenos administrados por la CONADI y protegidos por la comunidad Putreguel.
Sin embargo, el 30 de enero de 2025, personal de la Segunda Comisaría de Los Lagos realizó una inspección en la residencia de Chuñil, donde también habita su hija, Jeannette Troncoso Chuñil, junto a su esposo. Durante esta diligencia, se encontró una mancha de sangre que, tras ser analizada por el Laboratorio de Criminalística de Carabineros (Labocar) en Santiago, coincidió con el material genético de Julia Chuñil.
Este descubrimiento ha llevado a los investigadores a considerar la posibilidad de que el cuerpo de la dirigente esté en las inmediaciones de su vivienda. Por ello, se contempla el uso de georadares para inspeccionar el suelo de la propiedad y descartar esta hipótesis.
Fuentes cercanas al caso indican que la investigación ahora se enfoca en el círculo familiar de Chuñil, siendo objeto de interés uno de sus hijos. No obstante, aún se requieren más diligencias para esclarecer responsabilidades. La familia, por su parte, ha manifestado sentirse objeto de hostigamiento y ha cuestionado la dirección que ha tomado la investigación. Pablo San Martín Chuñil, hijo de Julia, expresó: “Tienen que comprobarlo cuando encontremos a mi mamá, no llegar y decir que esa muestra de sangre es de Julia Chuñil”.
La desaparición de Julia Chuñil ha generado preocupación a nivel nacional e internacional, movilizando a organizaciones mapuche, feministas, medioambientales y de derechos humanos que exigen al gobierno intensificar los esfuerzos para encontrarla. El presidente Gabriel Boric ha expresado su inquietud por el caso y ha asegurado que la búsqueda continuará de manera firme.