Desde 2006, Alexis Lespinasse inició su carrera en el Servicio de Salud Araucanía Sur, donde adquirió experiencia en áreas administrativas. Posteriormente, lideró por tres años el Departamento de Salud de la comuna de Gorbea.
Uno de los hitos destacados de su trayectoria fue la puesta en marcha y la implementación del Hospital Intercultural en el Servicio de Salud Osorno.
En su paso por la Universidad San Sebastián de Valdivia, Lespinasse asumió el cargo de gerente del centro de salud universitario, fortaleciendo la integración entre formación académica y atención primaria. Asimismo, ejerció como subdirector administrativo del Hospital Juan Morey de La Unión.